Cờ của Hezb-e Islami. Tất cả các đảng phái chính trị của Afghanistan được thống nhất dưới tên Nhà nước Hồi giáo Afghanistan vào tháng 4 năm 1992 ngoại trừ Hezb-e Islami do Gulbuddin Hekmatyar lãnh đạo. Hezb-e Islami do Pakistan hỗ trợ đã bắt đầu một chiến dịch bắn phá lớn chống lại Nhà nước Hồi giáo.

Sau khi chính phủ của Najibullah sụp đổ vào năm 1992, các chính đảng Afghanistan đã nhất trí về một thỏa thuận chia sẻ quyền lực, Hiệp định Peshawar. Hiệp định Peshawar thành lập Nhà nước Hồi giáo Afghanistan và chỉ định một chính phủ lâm thời cho một giai đoạn chuyển tiếp, sau đó là các cuộc tổng tuyển cử dân chủ. Theo Tổ chức Theo dõi Nhân quyền :

The sovereignty of Afghanistan was vested formally in the Islamic State of Afghanistan, an entity created in April 1992, after the fall of the Soviet-backed Najibullah government. [...] With the exception of Gulbuddin Hekmatyar's Hezb-e Islami, all of the parties [...] were ostensibly unified under this government in April 1992. [...] Hekmatyar's Hezb-e Islami, for its part, refused to recognize the government for most of the period discussed in this report and launched attacks against government forces and Kabul generally. [...] Shells and rockets fell everywhere.[29]

Gulbuddin Hekmatyar nhận được hỗ trợ về hoạt động, tài chính và quân sự từ Pakistan.[30] Chuyên gia về Afghanistan Amin Saikal kết luận trong tác phẩm Afghanistan hiện đại: Lịch sử đấu tranh và tồn tại:

Pakistan was keen to gear up for a breakthrough in Central Asia. [...] Islamabad could not possibly expect the new Islamic government leaders [...] to subordinate their own nationalist objectives in order to help Pakistan realize its regional ambitions. [...] Had it not been for the ISI's logistic support and supply of a large number of rockets, Hekmatyar's forces would not have been able to target and destroy half of Kabul.[31]

Ngoài ra, Ả Rập Xê-út và Iran - với tư cách là những đối thủ cạnh tranh cho quyền bá chủ trong khu vực - đã ủng hộ sự thù địch của lực lượng dân quân Afghanistan đối đầu với nhau.[31] Theo Tổ chức Theo dõi Nhân quyền, Iran đang hỗ trợ lực lượng Shia Hazara Hezb-i Wahdat của Abdul Ali Mazari, vì Iran đang cố gắng tối đa hóa sức mạnh quân sự và ảnh hưởng của Wahdat.[29][31][32] Ả Rập Xê Út ủng hộ Wahhabite Abdul Rasul Sayyaf và phe Ittihad-i Islami của ông ta.[29][31] Xung đột giữa quân đội hai bên nhanh chóng leo thang thành một cuộc chiến toàn diện. Một ấn phẩm của Đại học George Washington mô tả tình hình:

[O]utside forces saw instability in Afghanistan as an opportunity to press their own security and political agendas.[33]

Do chiến tranh bắt đầu quá đột ngột, các cơ quan chính phủ đang hoạt động, các đơn vị cảnh sát hoặc hệ thống tư pháp và trách nhiệm giải trình cho Nhà nước Hồi giáo Afghanistan mới được thành lập không có thời gian để hình thành. Các hành động tàn bạo đã được thực hiện bởi các cá nhân thuộc các phe phái vũ trang khác nhau trong khi Kabul rơi vào tình trạng vô pháp luật và hỗn loạn như được mô tả trong các báo cáo của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền và Dự án Công lý Afghanistan.[34][35] Do sự hỗn loạn, một số nhà lãnh đạo ngày càng chỉ có quyền kiểm soát danh nghĩa đối với các chỉ huy (cấp dưới) của họ.[36] Đối với dân thường, có rất ít an ninh khỏi bị giết, hãm hiếp và tống tiền.[36] Ước tính có khoảng 25.000 người đã chết trong thời kỳ bị Hezb-i Islami của Hekmatyar bắn phá dữ dội nhất và lực lượng Junbish-i Milli của Abdul Rashid Dostum, những người đã tạo ra một liên minh với Hekmatyar vào năm 1994.[35] Nửa triệu người đã chạy trốn khỏi Afghanistan.[36] Tổ chức Theo dõi Nhân quyền viết:

Rare ceasefires, usually negotiated by representatives of Ahmad Shah Massoud, Sibghatullah Mojaddedi or Burhanuddin Rabbani [the interim government], or officials from the International Committee of the Red Cross (ICRC), commonly collapsed within days.[29]

Taliban nổi lên nắm quyền

Miền Nam Afghanistan không nằm dưới sự kiểm soát của các lực lượng dân quân do nước ngoài hậu thuẫn hay chính phủ ở Kabul, mà được cai trị bởi các nhà lãnh đạo địa phương như Gul Agha Sherzai và dân quân của họ. Năm 1994, Taliban (một phong trào bắt nguồn từ các trường tôn giáo Jamiat Ulema-e-Islam dành cho người tị nạn Afghanistan ở Pakistan) cũng phát triển ở Afghanistan như một lực lượng chính trị-tôn giáo, được cho là đối lập với sự chuyên chế của thống đốc địa phương.[37] Mullah Omar bắt đầu phong trào này với ít hơn 50 sinh viên madrassah có vũ trang ở quê hương Kandahar của mình.[37] Khi Taliban nắm quyền kiểm soát thành phố vào năm 1994, họ đã buộc hàng chục thủ lĩnh Pashtun địa phương đầu hàng, những người đang làm chủ một tình huống hoàn toàn vô pháp và tàn bạo.[38] Năm 1994, Taliban lên nắm quyền ở một số tỉnh ở miền nam và miền trung Afghanistan.

Một phần của Kabul bị phá hủy hoàn toàn vào năm 1993.

Vào cuối năm 1994, hầu hết các phe phái dân quân (Hezb-i Islami, Junbish-i Milli và Hezb-i Wahdat) đã chiến đấu trong cuộc chiến giành quyền kiểm soát Kabul đã bị đánh bại về mặt quân sự bởi lực lượng của Bộ trưởng Quốc phòng Nhà nước Hồi giáo Ahmad Shah Đại chúng. Việc bắn phá thủ đô đã dừng lại.[39][40][41] Massoud đã cố gắng khởi động một quá trình chính trị trên toàn quốc với mục tiêu củng cố quốc gia và bầu cử dân chủ, đồng thời mời Taliban tham gia vào quá trình này.[42] Massoud đã thống nhất các nhân vật chính trị và văn hóa, thống đốc, chỉ huy, giáo sĩ và đại diện để đạt được một thỏa thuận lâu dài. Massoud, giống như hầu hết mọi người ở Afghanistan, coi hội nghị này là một hy vọng nhỏ cho nền dân chủ và cho các cuộc bầu cử tự do. Yêu thích của ông để ứng cử vào chức vụ tổng thống là Tiến sĩ Mohammad Yusuf, thủ tướng dân chủ đầu tiên dưới thời Zahir Shah, cựu vua. Trong cuộc họp đầu tiên, đại diện từ 15 tỉnh khác nhau của Afghanistan đã gặp nhau, trong cuộc họp thứ hai đã có 25 tỉnh tham gia. Massoud không mang vũ khí để nói chuyện với một số thủ lĩnh Taliban ở Maidan Shar, nhưng Taliban từ chối tham gia tiến trình chính trị này.[42] Khi Massoud trở về an toàn, thủ lĩnh Taliban đã tiếp ông làm khách đã phải trả giá bằng mạng sống của mình: ông ta bị giết bởi thủ lĩnh Taliban cấp cao khác vì đã không giết Massoud trong khi có khả năng làm việc này.

Taliban bắt đầu pháo kích vào Kabul vào đầu năm 1995 nhưng đã bị đánh bại bởi lực lượng của chính phủ Nhà nước Hồi giáo dưới thời Ahmad Shah Massoud.[43] Tổ chức Ân xá Quốc tế, đề cập đến cuộc tấn công của Taliban, đã viết trong một báo cáo năm 1995:

This is the first time in several months that Kabul civilians have become the targets of rocket attacks and shelling aimed at residential areas in the city.[40]

Những chiến thắng ban đầu của Taliban vào năm 1994 sau đó là một loạt thất bại dẫn đến tổn thất nặng nề.[44] Pakistan đã hỗ trợ mạnh mẽ cho Taliban.[45][46] Nhiều nhà phân tích như Amin Saikal mô tả Taliban đang phát triển thành một lực lượng ủy nhiệm cho các lợi ích khu vực của Pakistan mà Taliban đã từ chối.[45]

Vào ngày 26 tháng 9 năm 1996, khi Taliban, với sự hỗ trợ quân sự của Pakistan và sự hỗ trợ tài chính của Ả Rập Xê-út, chuẩn bị cho một cuộc tấn công lớn khác, Massoud đã ra lệnh rút lui hoàn toàn khỏi Kabul.[47] Taliban chiếm Kabul vào ngày 27 tháng 9 năm 1996 và thành lập Tiểu vương quốc Hồi giáo Afghanistan.